W wyniku ugody z zaciężną załogą krzyżackiego zamku, warownia w Malborku dostała się w polskie ręce. W dniu 6 czerwca 1457 bracia zakonni ostatecznie opuścili zamkowe mury. Nową siedzibą wielkich mistrzów został Królewiec. Zamek Malbork stał się natomiast jedną z siedmiu oficjalnych rezydencji polskich królów.

Jeszcze w czerwcu 1457 roku na zamku rezydował pogromca Krzyżaków Kazimierz Jagiellończyk (młodszy syn Jagiełły). Na początku XVI stulecia mieszkał tu jeden z synów Kazimierza – Aleksander Jagiellończyk.

Zamek Malbork był przez długi czas główną siedzibą króla Stefana Batorego. To stąd węgiersko-polski dynasta kierował walkami ze zbuntowanymi przeciwko Koronie polskiej Gdańszczanami. W czasach dynastii Wazów przeprowadzono renowację niszczejącej z wolna twierdzy. Zygmunt III przebywał na zamku już w roku 1593. Na jego rozkaz przeprowadzono także renowację obiektu w latach dwudziestych XVII stulecia. Zamkowe fortyfikacje obronne zostały wzmocnione w czasach króla Władysława IV (starszy syn Zygmunta III). Prace przeprowadzono wówczas głównie na zamku niskim (dolnym). W czasach wojen między szwedzkimi i polskimi Wazami zamek dostał się dwukrotnie w ręce skandynawskiego najeźdźcy. Po ich odejściu na zamku bywał hetman Sobieski. Przyszły król był starostą położonego na południe od Malborka zamku w Gniewie. Wiadomo, iż w twierdzy malborskiej Jan III Sobieski przebywał w roku 1676 w czasie powodzi na Żuławach. Olbrzymich zniszczeń dokonały armie walczące w wojnie północnej. Warownia była wówczas zajmowana kilkakrotnie przez Szwedów, Sasów, Polaków a nawet Rosjan. Działania wojenne nie przeszkodziły ówczesnemu władcy Polski Augustowi II z dynastii Wettinów na przeprowadzenia prac remontowych. W roku 1710 król nakazał pokryć zamek nowym dachem. Dokonano wówczas także zwieńczenia zdobień głównej wieży.

Po pierwszym rozbiorze Polski na zamek wrócili Niemcy. Doprowadzili oni obiekt do niemalże całkowitej ruiny. Rozebrano zamek dolny, w średnim urządzono magazyny zbożowe. W roku 1816 przystąpiono jednak do rewitalizacji pomieszczeń zamkowych. Odbudowa zamku trwała do początków XX wieku. Niestety został on w połowie zniszczony przez ostrzał radziecki z okresu drugiej wojny światowej. Odbudowany przez Polaków gmach został w roku 1997 wpisany na listę światowego dziedzictwa kultury UNESCO.