Kraków jest położony w południowej Polsce, w środkowo-północnej części województwa małopolskiego. Miasto leży nad Wisłą i na jego terenie znajdują się ujścia dopływów rzeki Wisły: Białuchy (dolny bieg Prądnika), Rudawy, Dłubni, Drwiny Długiej i Wilgi. Kraków znajduje się w miejscu zbiegu kilku krain geograficznych: Bramy Krakowskiej, Kotliny Oświęcimskiej, Kotliny Sandomierskiej, Pogórza Zachodniobeskidzkiego, Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej. Położenie Krakowa sprawia, że jest on bazą dla wycieczek w polskie góry, czy wypadów do malowniczej Jury Krakowsko-Częstochowskiej.
Z Krakowem sąsiadują gminy: Igołomia-Wawrzeńczyce, Kocmyrzów-Luborzyca, Koniusza, Liszki, Michałowice, Mogilany, Niepołomice, Skawina, Świątniki Górne, Wieliczka, Wielka Wieś, Zabierzów, Zielonki. Gminy te należą do dwóch powiatów sąsiadujących z Krakowem: powiat krakowski oraz powiat wielicki.